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Software | Laboratorio Nacional de Supercomputo

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Software Libre

 

ABINIT es una suite de software para calcular las propiedades ópticas, mecánicas, vibratorias y otras propiedades observables de los materiales. A partir de las ecuaciones cuánticas de la teoría funcional de la densidad.
ABINIT puede calcular moléculas, nanoestructuras y sólidos con cualquier composición química, y viene con varias tablas completas y robustas de potenciales atómicos.

 

BLAST encuentra regiones de similitud entre secuencias biológicas. El programa compara las secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos de secuencias y calcula la significación estadística.

 

  • DDA

  • DDSCAT
    Código en FORTRAN para el cálculo de la absorción y dispersión de luz por partículas irregulares, y su organización periódica.

  • DL_MESO 
    Es un paquete de simulación a nivel mesoscópico para modelado molecular y dinámica de fluidos.

  • DL_POLY 
    Es un software de propósito general para la simulación de la dinámica molecular, que puede ser ejecutado de manera paralela o en serie.

  • DMACRYS 
    Paquete utilizado para el modelado de cristales de moléculas rígidas, lo que permite la minimización de energía reticular y el cálculo de propiedades derivadas.

  • GROMACS 
    Es un paquete versátil para desarrollar operaciones moleculares dinámicas, como la simulación de las ecuaciones Newtonianas del movimiento de sistemas, con millones de partículas. Está diseñado para moléculas como proteínas, lípidos y ácidos nucleicos.

  • GULP

  • LAPACK
    Software que provee rutinas para resolver sistemas simultáneos de ecuaciones lineales, problemas de eigenvalores y de valor singular. También se proveen métodos de factorización de matrices (LU, Cholesky, QR, SVD, Schur, etc)

  • Máxima
    Sistema para la manipulación de sistemas algebraicos, expresiones numéricas, diferenciación, integración, series de Taylor, transformadas de Laplace, sistemas de ecuaciones lineales, polinomios, listas, vectores, matrices, etc. con máxima precisión. Soporta graficación en 2D y 3D.

  • MBPP

  • NAMD 
    NAMD es un software paralelo y orientado a objetos, diseñado para la simulación de sistemas biomoleculares de gran tamaño, con alto rendimiento.

  • NwChem
    Herramienta para química computacional, escalable en su habilidad para resolver problemas eficientemente de manera paralela en HPC.

  • ORCA
    Software de uso general enfocado a química cuántica con énfasis en las propiedades espectroscópicas de moléculas. Ofrece varios métodos como semiempíricos y métodos ab initio.

  • PW

  • PWscf

  • Quantum Expresso 
    Suite de código libre para el cálculo y modelado de estructuras electrónicas y materiales en nano escala. Se basa en la teoría de densidad-funcional, onda plana y pseudopotenciales.

  • SAGE
    Software matemático utilizado para resolver problemas de álgebra, combinatorias, métodos numéricos, teoría de números, cálculo, etc. Alternativa open source a Mathematica, MATLAB o Maple.

 

Software de desarrollo

Compiladores

Librerías

MPI

Lenguajes de programación

  • C
  • C++
  • Fortran
  • Java
  • Perl
  • Python
  • TCL/TK